Gereja Katolik di Citraraya yang dikenal dengan nama Stasi Santo Yakobus berawal dari gagasan seorang tokoh umat Katolik yaitu Drs. Michael Utama Purnama MA, Ketua Dewan Pengurus Harian Sekolah Ciputra, untuk mendirikan sebuah Gereja Katolik di Citraraya. Gagasan yang dilontarkan pada akhir tahun 1995 tersebut direspon positif oleh Ir. Sutoto Yakobus, MBA dan kemudian ditindaklanjuti dengan pertemuan dalam acara makan siang bersama pada bulan Maret 1996, yang dihadiri oleh Mgr. Yohanes Hadiwikarta, Romo Jelantik, Pr., Drs. Michael Utama Purnama MA, Ir. Sutoto Yakobus MBA, dan Lusyana Setijani. Mgr. Yohanes Hadiwikarta menyambut gagasan tersebut dengan penuh antusias. Demikian pula, setelah gagasan ini diajukan kepada Direksi Grup Ciputra, juga disambut baik oleh Ir. Ciputra dengan mempersembahkan lahan seluas 2.000m2 di Citraraya secara cuma-cuma untuk keperluan pembangunan gedung gereja.
Seusai acara pesta peringatan tahbisan Uskup yang kedua, yang bertepatan dengan pesta nama Santo Yakobus 25 Juli 1996, Mgr. Yohanes Hadiwikarta mengundang Romo Alexius Kurdo Irianto, Pr. dan Romo Antonius Gosal, Pr. untuk menyampaikan hasil pembicaraan pertemuan tersebut dan mengantisipasi perkembangan Gereja ke arah Surabaya Barat, serta menanggapi penawaran penyediaan tanah oleh Ir. Ciputra untuk membangun gedung gereja.
Guna mengawali pembentukan umat, Ir. Sutoto Yakobus, MBA mengusulkan kepada Mgr. Yohanes Hadiwikarta agar bersedia mempersembahkan Misa Kudus untuk pemberkatan rumah beliau yang baru selesai dibangun di Citraraya, sekaligus menjadikannya sarana untuk mengkomunikasikan rencana pendirian Gereja baru kepada umat di kawasan tersebut. Mgr. Yohanes Hadiwikarta menyetujui usulan tersebut dan Misa Pemberkatan Rumah diadakan pada tanggal 30 Juli 1996. Dalam Misa Pemberkatan Rumah ini, selain mengundang relasi dan kawan-kawan dari Paroki asal, Ir. Sutoto Yakobus MBA juga mengundang seluruh keluarga Katolik yang bertempat tinggal di Citraraya. Umat yanghadir menyambut sangat baik gagasan pendirian Gereja di Citraraya yang diutarakan Mgr. Yohanes Hadiwikarta dalam homilinya. Pada acara ramah tamah seusai Misa, umat mengusulkan Maria Lois D. Chrisdayanti untuk ditunjuk sebagai Koordinator Umat dalam menyelenggarakan berbagai kegiatan peribadatan dan kegiatan lain menyongsong pendirian stasi baru.
Melalui surat Mgr. Yohanes Hadiwikarta no. 516/G.113/VIII/1996 tertanggal 17 Agustus 1996 kepada Romo Alexius Kurdo Irianto, Pr. maka lahirlah stasi baru dengan Paroki Aloysius Gonzaga sebagai Paroki Induk, dan Romo Antonius Gosal, Pr. ditugaskan untuk menangani Reksa Pastoral stasi baru ini. Semangat Rasul Santo Yakobus diimani sebagai nama stasi baru ini, sekaligus untuk mengingat awal mula pembicaraan rencana pembentukan stasi yang terjadi dalam suasana pesta peringatan tahbisan Mgr. Yohanes Hadiwikarta yang kedua yaitu tanggal 25 Juli 1996 yang juga merupakan pesta nama Rasul Santo Yakobus.
Misa Kudus perdana di lungkungan stasi diadakan pada tanggal 15 September 1996 di rumah keluarga Harmanto Darmali, sekaligus pemberkatan 3 rumah, yaitu rumah Harmanto Darmali, Andreas, dan Holly yang berada dalam satu kawasan Taman Gapura. Misa dihadiri oleh 25 orang, kemudian Harmanto Darmali ditunjuk sebagai Ketua Stasi yang pertama, sedangkan jumlah umat stasi yang tercatat pada saat itu adalah 25 kepala keluarga (KK).
Setelah Misa Kudus perdana tersebut, Misa Kudus Stasi diadakan setiap minggu dengan berpindah-pindah dari rumah ke rumah., karena masih belum mempunyai tampat yang tetap. Misa yang diadakan biasanya merupakan Misa Pemberkatan Rumah baru. Misa Kudus seringkali dilaksanakan dengan lesehan (duduk di lantai beralaskan tikar) ala kadarnya.
Misa Natal Stasi pertama kali diadakan pada tahun 1996, diadakan di Ruang VIP II Palimanan Restaurant Ciputra Golf & Klub Keluarga yang dihadiri 49 orang. Sejak Maret 1997 Stasi mendapatkan pinjaman dari Citraraya berupa sebuah rumah di Taman Internasional I B1/56 sebagai tempat untuk beribadah. Kegiatan yang dilaksanakan pada saat itu antara lain: Misa Kudus setiap hari Minggu jam 08.00 pagi dengan beralaskan tikar dan kegiatan anak-anak BIAK setiap Sabtu sore. Tempat tersebut dapat menampung kurang lebih 35 umat. Menjelang Paskah 1997 umat secara spontan bergotong royong mengumpulkan dana untuk membeli sarana dan prasarana peribadatan seperti kursi, salib, meja Altar, mimbar, dan peralatan Misa Kudus.
Seiring dengan pertambahan umat dalam waktu singkat, rumah pinjaman tersebut sudah tidak cukup menampung umat untuk kegiatan Misa Kudus. Pada tanggal 24 Agustus 1997, kegiatan Misa Kudus dan BIAK dipindahkan ke sebuah ruko di Taman Puspa Raya D-3 yang juga merupakan pinjaman dari Citraraya. Tempat ibadat baru tersebut dapat menampung kurang lebih 50 umat, namun tempat tersebut dalam waktu singkat juga tidak mampu menampung pertambahan umat yang sangat pesat. Tercatat umat yang hadir dalam Misa Kudus 31 Mei 1998 sebanyak 105 umat, sehingga sebagian besar umat berada di luar ruangan. Untuk mengatasi kekurangan tempat tersebut, akhirnya Pengurus Stasi sepakat untuk menyewa 2 buah ruko di Taman Puspa Raya D-17 dan D-18 Citraraya. Tempat yang baru ini mulai digunakan tanggal 14 Juni 1998. 2 unit ruko tersebut dijadikan satu ruangan dan dapat menampung kurang lebih 150 umat. Jumlah umat yang tercatat pada buku tamu Misa Mingguan sebanyak 202 KK.
Salah satu cara umat untuk saling mengenal adalah dengan cara umat yang baru pertama kali mengikuti Misa Kudus selalu diminta untuk memperkenalkan diri seusai Misa Kudus, sehingga dengan demikian umat menjadi sangat akrab satu sama lain dan saling menginformasikan kepada umat/Pengurus Stasi/Ketua Wilayah/Lingkungan yang berada di lingkungannya. Saat itu Stasi dibagi 4 Lingkungan, yaitu St. Anna, St. Paulus, St. Yoseph, dan St. Maria. Seperti tempat-tempat sebelumnya, kedua ruko dalam waktu singkat tidak mampu lagi menampung umat yang hadir dalam Misa Kudus setiap Minggu, sehingga timbul kerinduan dan tekad umat untuk segera memiliki gedung Gereja yang memadai sebagai sarana peribadatan dan pembinaan umat dalam jangka panjang.
Pengurus Stasi (yang sudah disempurnakan kepengurusannnya) yaitu Ketua I Petrus Naryanto dan sebagai Ketua II Yacobus Subiyanto beserta Heru Prasanta, Denny Bernardus dan pengurus lainnya didampingi Romo Antonius Gosal, Pr. Desember 1998 bertemu dengan Mgr. Yohanes Hadiwikarta, untuk mengajukan permohonan membangun gedung Gereja dengan menyampaikan draft Susunan Panitia Pembangunan dan gamabar gedung Gereja yang dirancang oleh Tim Arsitek Citraraya dan Konsultan Archi Metric. Rencana pembangunan gedung Gereja mulai terlihat aktifitasnya setelah Susunan Panita Pembangunan Gereja Santo Yakobus (PPGSY) disahkan Mgr. Yohanes Hadiwikarta melalui SK Uskup no. 272/G.113/IV/1999 tertanggal 1 April 1999, dan yang ditunjuk sebagai Ketua Umum adalah Petrus Naryanto, serta sebagai Romo Pembangunan adalah Romo Antonius Gosal, Pr.
Berbagai rencana awal, persiapan dan pengurusan ijin dilakukan oleh PPGSY. Pengurusan ijin-ijin sebelumnya telah dirintis oleh Denny Bernardus, dengan dibantu oleh Tim Perijinan Citraraya serta Ir. Sutoto Yakobus, MBA, akhirnya berhasil diperoleh:
Ijin Prinsip Membangun Gereja dari Walikota Kotamadya Surabaya no. 451/0016/402.8.02/1998 tertanggal 5 Januari 1998.
Ijin Mendirikan Bangunan no. 188/566/402.5.09/1999 tertanggal 22 Nopember 1999.
Di dalam merancang gedung Gereja, PPGSY mempertimbangkan potensi besar perkembangan umat yang harus dilayani dalam jangka panjang, maka lahan seluas 2.000m2 yang dipersembahkan oleh Ir. Ciputra tidak akan mampu menampung umat. Akhirnya dengan persetujuan Keuskupan dibeli lahan tambahan seluas 3.000m2 dari Citraraya dengan fasilitas harga khusus dan angsuran pembayaran jangka panjang.
Gedung Gereja dengan luas lahan kurang lebih 5.000m2 dirancang menjadi dua lantai, untuk memudahkan pembangunan secara modular/bertahap yang sesuai dengan ketersediaan dana. Lantai I dirancang menjadi Ruang Serbaguna dan ruang-ruang pendukungnya untuk memudahkan fleksibilitas penggunaan ruangan bagi pembinaan umat. Lantai II yang merupakan area tenang dijadikan Ruang Gereja agar ketenangan dalam beribadah dapat terlaksana dengan baik.
Penggalangan dana dimulai dari umat Stasi yang masih sangat sedikit, namun dengan tekad dan semangat tinggi dengan bantuan para dermawan dan donatur, akhirnya usaha itu menghasilkan buah-buah nyata sebagai berikut:
Mengumpulkan dana dari umat Stasi, dermawan, dan donatur untuk membayar kavling tambahan seluas 3.000m2.
Mengumpulkan dana untuk memulai pekerjaan pematangan lahan dan pemancangan tiang pancang pertama pada tanggal 25 Desember 1999 oleh Mgr. Yohanes Hadiwikarta.
Mengumpulkan dana untuk membeli lahan tambahan yang memanjang di sisi timur Gereja, seluas lebih kurang 1.870m2, digunakan sebagai lahan parkir dan lokasi Gua Maria.
Membeli lahan kavling seluas 970m2 di sisi utara timur Gereja, yang direncanakan untuk Pastoran dan pengembangan kegiatan Gereja.
Mengumpulkan dana untuk pembangunan gedung Gereja secara bertahap, selain itu juga banyak sumbangan berupa material bahan bangunan dan perlengkapan Gereja.
Kegiatan umat Stasi Santo Yakobus semakin terprogram, berkat bimbingan dan kerjasama dari Dewan Paroki Santo Aloysius Gonzaga dalam berbagai kegiatan pastoral, antara lain: Rekoleksi Fungsionaris, Retret, Kegiatan Sosial (Warung Karto, Poliklinik Pelayanan Kesehatan Gratis, Donor Darah, dll.), Kegiatan Sakramental (Baptis Balita, Komuni Pertama, Krisma, dll.), dan sebagainya.
Umat Stasi Santo Yakobus juga berpartisipasi aktif di Paroki Induknya, di mana 2 umat Stasi yaitu Yusuf Wikono dan Yacobus Subiyanto dipercaya sebagai Anggota dan Sekretaris II BGKP Santo Aloysius Gonzaga.
Kerja keras PPGSY dan dukungan serta partisipasi umat yang giat berusaha untuk menyelesaikan pembangunan fisik Gereja, menjawab kerinduan terwujudnya tempat ibadat yang memadai, maka akhirnya sebagian (sepertiga) bangunan Lantai I selesai dibangun pada bulan Nopember 2000. Sebagai hadiah Natal bagi umat, bangunan Gereja digunakan pertama kali pada Misa Natal 2000 dan dapat menampung kurang lebih 250 umat. Perkembangan umat yang sangat pesat membuat kapasitas ruang ibadat Gereja tidak memadai hanya dalam beberapa minggu saja.
Kebutuhan pembinaan dan kegiatan umat Stasi yang berkembang pesat memerlukan sarana dan prasaran pendukung, maka untuk mengatasinya PPGSY segera menyelesaikan tambahan ruangan serbaguna di depan Gereja (di bawah ramp). Ruangan-ruangan yang dibutuhkan tersebut selesai dibangun pada bulan Nopember 2001, sehingga setiap Misa Kudus dapat menampung kurang lebih 500 umat, dan ruangan tambahan dapat digunakan sebagai ruang Sekretariat, gudang, dan kegiatan-kegiatan yang lain seperti BIAK, ruang rapat, dll.
Namun perkembangan umat sudah tidak dapat dibendung lagi, kekurangan ruang ibadat menjadi hambatan utama, umat tidak dapat berdoa dengan hikmat dalam Misa Kudus, karena sebagian umat berada di luar Gereja. Pengurus Dewan Stasi atas persetujuan Romo Yoseph Eko Budi Susilo, Pr. mulai tahun 2002 menambah jadwal Misa Kudus hari sabtu setiap Minggu III jam 18.00 sore. Misa Kudus hari Sabtu III ini kurang mendapatkan respon. Karena sering terlewatkan oleh umat, akhirnya Dewan Stasi melalui persetujuan Pastor Paroki memutuskan mengadakan Misa Kudus rutin setiap hari Sabtu jam 18.00 sore dan ternyata jumlah kehadiran umat terus bertambah.
Mengingat daya tampung dalam 2 kali Misa ini sangat terbatas, yaitu kurang lebih 1.000 umat, sedangkan kehadiran umat dalam Misa Kudus mencapai kurang lebih 1.100 umat (hasil sensus umat tahun 2003 tercatat 1.293 umat), sehingga Dewan Stasi bersama PPGSY kembali memikirikan untuk segera menyiapkan tambahan ruangan. Sedangkan penyelesaian pembangunan fisik Gereja Lantai II akan membutuhkan waktu yang panjang dan dana yang besar. Untuk mengatasi hal ini, Dewan Stasi bersama PPGSY sepakat untuk menyelesaikan terlebih dahulu seluruh bangunan Lantai I (Ruang Serbaguna) untuk dipakai sementara sebagai Ruang Misa Kudus. Berkat Bapa di surga sangat besar kepada umatNya di Stasi St. Yakobus, maka melalui berbagai usaha penggalangan dana PPGSY dapat menyelesaikan seluruh ruangan Lantai I yang dapat menampung kurang lebih 1.600 umat (termasuk di bawah ramp), dan pertama kali digunakan untuk Misa Kudus pada hari Natal 2004 sebagai hadiah Natal bagi umat.
Dalam kurun waktu 10 tahun, banyak dilakukan pembenahan-pembenahan hal yang telah dilakukan oleh Pengurus Dewan Stasi bagi umat untuk mempersiapkan diri menjadi umat Paroki, antara lain: kegiatan yang bersifat Pastoral, pembenahan struktur organisasi kepengurusan dengan 3 ketua, pembenahan administrasi/sekretariat, pemekaran wilayah, dan terutama pembinaan iman umat. Selain itu, Dewan Stasi beserta PPGSY dan umat Stasi St. Yakobus bertekad untuk segera menyelesaikan pembangunan Gereja sampai tuntas, diresmikan dan diberkati pada tanggal 25 Juli 2006, tepat di usia Stasi St. Yakobus yang ke-10.
